ابزار برچسب‌زنی برای بهبود حساسیت توالی‌سنجی DNA

شرکت بیونانو ژنومیکس (Bionano Genomics) در حوزه‌ی ساخت تجهیزات نقشه‌برداری از ژنوم فعالیت دارد. این شرکت اخیراً محصول جدیدی موسوم به DLS را که نوعی ابزار رنگ‌آمیزی و برچسب‌زنی مستقیم است، به بازار عرضه کرده‌است.

DLS فناوری برچسب‌زنی غیرتخریبی است که می‌توان با آن نقشه‌برداری ژنوم را بهبود داد. در زمان استفاده از تجهیزات نقشه‌برداری ژنوم، فناوری DLS به محققان کمک می‌کند تا با برچسب‌زنی، حساسیت و قدرت تفکیک فرآیند اختلاف‌یابی ساختاری را افزایش دهند. با این کار مطالعه ژنوم با دقت بیشتری انجام می‌شود.

پیش از این فناوری، شرکت بیونانو به مشتریان خود پیشنهاد کرده بود تا از کیت NLRS که نوعی رنگ‌آمیزی و برچسب‌زنی است، استفاده کنند. در این کیت از ترکیبات فلورسانس استفاده شده بود تا نوکلئوتیدها برچسب‌زنی شده و سپس با واکنش لیگندزنی، بخش آسیب‌دیده را مرمت کنند. این کیت بسیار مناسب و کاراست، اما محدودیت‌هایی نیز دارد. این روش NLRS نیازمند دو نوع آنزیم برای ایجاد توالی‌های مورد نظر است. در این فناوی جدید نیاز به اقدام تخریبی نبوده و بخش برش مولکولی حذف شده‌است. بنابراین، این فناوری جدید مراحل کمتری داشته، از ترکیبات شیمیایی کمتری استفاده کرده و می‌تواند نقشه تک رشته دی‌ان‌ای را با دقت بالاتر مشخص کند.

این فناوری توسط کاربرانی که از دستگاه Saphyr استفاده می‌کنند، به‌کار گرفته شده است. نتایج بررسی‌های آن‌ها نشان داد که این فناوری عملکرد بهتری دارد؛ برای مثال می‌تواند نقشهی ژنومی 50 برابر طولانی‌تر از حالتی که از فناوری NLRS استفاده شود را ایجاد کند. بازوهای کروموزوم و تمام کروموزوم اغلب در یک نقشه تشکیل شده و نیاز به استفاده از روش‌های داربستی دیگر را به حداقل می‌رساند.

روش DLS از حساسیت بالایی برخوردار است، به‌طوری که امکان شناسایی، حذف و وارد شدن ژن‌های کوچک در حد500 جفت باز را فراهم می‌کند. در روش‌های قبلی این محدودیت درباره‌ی جفت‌بازهای 1 کیلوباز بود.