بونی براون و همکارانش تجربیاتشان درباره دستگاه توالیسنجی DNA که با استفاده از نانوحفره فرآیند توالیسنجی انجام میدهد، را برای سازنده این دستگاه ارائه کرند. این دستگاه بسیار کوچک بوده و برای تحقیقات میدانی بسیار ایدهآل است. فناوری توالیسنجی DNA به بلو
ارائه تجربیات استفاده از توالیسنج DNA
دکتر بونی براون، استاد رشته زیستشناسی دانشگاه ویرجینیا، بعد از یک روز کار به منزل بازگشته و به همراه خود یک دستگاه کوچک توالیسنج و یک لپتاپ میآورد. براون میگوید: «درون یک ظرف آب میکرواورگانیسمهای مختلف وجود دارد که با توالیسنجی میتوان گفت که این ذرات میکروب، قورباغه یا ماهی هستند.»
بروان روی اورگانیسمهای خطرناک و بیماریزای موجود در رودخانه جیمز کار میکند. او میگوید: « این ابزار میتواند به شناسایی و درک محیط اطراف کمک شایانی کند.»
براون و همکارانش مدتی است که از دستگاه توالیسنجی MinION به عنوان ابزاری برای مطالعات خود استفاده میکنند. براون چندی قبل از سوی سازنده این دستگاه به لندن دعوت شد تا درباره تجربیات خود پیرامون این دستگاه سخنرانی کند. او که یک سال است از این دستگاه استفاده میکند معتقد است که این ابزار، دستگاهی ارزان و کوچک است با این حال میتواند تأثیر به سزایی روی مطالعات زیستشناسی داشته باشد.
اوزکای که قصد دارد از این دستگاه برای مطالعه روی نوعی پشته انتقال دهنده مالاریا استفاده کند، میگوید: «این دستگاه بسیار شگفتانگیز است. این ابزار به قدری کوچک است که میتوان آن را در جیب گذاشت و به داخل جنگلهای استوایی برد و به راحتی مطالعات ژنتیکی را انجام داد.»
توالیسنجی فرآیندی است که در آن چیدمان نوکلئوتیدهای موجود در DNA شناسایی می شود. با مشخص شدن این توالی میتوان به ویژگیهای ژنتیکی موجود پی برد. برای مثال میتوان روی یک ژن خاص متمرکز شد و تمام ژنهای چند اورگانیسم را بررسی کرد. نظم و چیدمان صحیح ژنها بسیار مهم است. در پشه ۲۷۸ میلیون جفت باز وجود دارد.
لازم است با یک ابزار، توالی این بازها بررسی شود. MinION دستگاهی است که براون با استفاده از آن توالیسنجی ۱۵ هزار جفت باز را انجام داده است. تا کنون محققان موفق به مطالعه ۷۰ هزار جفت باز با این دستگاه شدهاند. با افزایش طول رشته DNA تعداد قطعات رشته که باید کنار هم توالیسنجی شوند نیز افزایش مییابد.
کار با MinION نیاز به مهارت زیادی ندارد. این دستگاه به یک لپتاپ وصل شده و از طریق پورت USB دادهها را به کامپیوتر منتقل میکند. در این دستگاه از نانوحفره برای توالیسنجی استفاده میشود. جریان الکتریکی میان دو طرف نانوحفره اعمال شده و DNA با عبور از نانوحفره مورد مطالعه قرار میگیرد.