توالی‌سنجی DNA با استفاده از نانوحفره به بلوغ خود نزدیک شده و تجهیزات تجاری مربوط به این فناوری تولید و به بازار عرضه شده‌است. نقشه‌برداری ژنوم گیاه جو و توالی‌سنجی ژنوم فک دریایی از جمله پروژه‌هایی است که با این فناوری انجام شده‌است.
فصل جدیدی از کاربرد توالی‌سنجی DNA آغاز شده‌است
یک دهه قبل، موضوع توالی‌سنجی DNA با استفاده از نانوحفره یک موضوع داغ علمی در دانشگاه‌ها بود که نوید تولد فناوری جدیدی را در حوزه‌ی نانوزیست‌فناوری می‌داد. این فناوری در حال حاضر از مرحله‌ی تحقیقات پایه عبور کرده و به بلوغ خود نزدیک شده‌است، به‌طوری که در حال حاضر شرکت‌های متعددی را می‌توان یافت که دستگاه توالی‌سنجی را به صورت تجاری تولید می‌کنند؛ برای مثال بیونانو ژنومیکس (Bionano Genomic) فناوری موسوم به Saphyr را به بازار عرضه کرده‌است. دستگاه زافیر نسل جدیدی از توالی‌سنج‌های این شرکت است که می‌تواند با سرعت بالا از ژنوم‌ها نقشه‌برداری کند. با استفاده از این فناوری می‌توان اختلاف و تفاوت‌های موجود در ساختار ژنوم را به خوبی بررسی کرد. یکی از ویژگی‌های این دستگاه آن است که رشته‌هایی با ۱۰۰ برابر بلندتر از آنچه که در حال حاضر با ادوات رایج در بازار توالی‌سنجی می‌شود را نقشه‌برداری می‌کند. دقت این فناوری بسیار بالاتر از محصولات موجود در بازار است. زافیر می‌تواند برای توالی‌سنجی ژنوم انسان مورد استفاده قرار گرفته و اختلاف‌های ساختاری در ژنوم انسان را نشان دهد. از این فناوری می‌توان برای حل اختلالات ژنتیکی، ژن‌درمانی و مقابله با سرطان استفاده کرد. شرکت آکسفورد نانوپور (Oxford Nanopore) نیز دستگاهی موسوم به MinlON که یک توالی‌سنج بسیار کوچک و جیبی است را به‌صورت تجاری عرضه کرده‌است. دستگاه MinlON یک توالی‌سنج قابل حمل و کوچکتر از یک کنترل تلویزیون بوده که قادر به خواندن رشته‌های DNA به طول چند کیلوباز است. این دستگاه با استفاده از یک رابط USB به کامپیوتر متصل می‌شود. ابعاد این دستگاه بسیار کوچک و برای استفاده در تحقیقات مختلف، ایده‌آل است.
شرکت‌ها و گروه‌های تحقیقاتی مختلفی از این توالی‌سنج‌ها برای انجام پروژه‌های خود استفاده می‌کنند. مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری آمریکا برای بررسی ژنوم فک دریایی از توالی‌سنج شرکت بیونانو ژنومیکس استفاده کرده‌است. این کار در مدت زمان چند هفته و با هزینه‌ی بسیار کم صورت گرفته‌است. مؤسسه‌ی ژنتیک گیاهی لایبنیز در آلمان اخیراً از این فناوری شرکت بیونانو ژنومیکس برای توالی‌سنجی و نقشه‌برداری ژنوم گیاه جو استفاده کرده‌است. این گروه تحقیقاتی برای اولین بار با استفاده از این دستگاه، تنوع ژنتیکی گیاه جو را ارزیابی کردند تا ژن‌های مفید را وارد ساختار مورد نظر کنند. هدف نهایی این گروه آن است که ژنوم گیاه جو را به‌گونه‌ای دستکاری کنند که بتوانند محصول بیشتری یه‌دست آورند.
فناوری توالی‌سنجی DNA به قدری به بازار نزدیک شده که مؤسسه‌ی ملی استاندارد و فناوری (NIST) روش استانداردی برای اندازه‌گیری و توالی‌سنجی DNA ارائه کرده‌است.
بنابراین افق جدیدی در حوزه‌ی توالی‌سنجی DNA با نانوحفره ایجاد شده که بسیاری از شرکت‌ها و سازمان‌ها می‌توانند در اجرای پروژه‌های خود از این فناوری بهره گیرند.
