یکی از روش‌های تشخیص گزینه‌های احتمالی دارویی، شبیه‌سازی کامپیوتری است. محققان با مدل‌سازی پپتیدهایی را شناسایی کردند که احتمالا بتواند برای مقابله با کرونا استفاده شود.
استفاده از مدل‌سازی کامپیوتری برای شناسایی مهارکننده‌های پپتیدی
طراحی داروها با کمک شبیه‌سازی یکی از راهبردهای تشخیص مواد موثر دارویی است. با شیوع ویروس کرونا محققان به دنبال شبیه‌سازی پپتیدهایی هستند که بتوانند به ویروس کرونا متصل شده و آن را مهار کنند.
یک گروه تحقیقات آلمانی به تازگی دستاوردهایی در این حوزه به‌دست آورده‌اند. در مقاله‌ای که این گروه تحقیقاتی به چاپ رسانده‌اند، نشان دادند که از مدل‌سازی کامپیوتری برای ارزیابی چهار پپتید استفاده شده است، این پپتیدها شبیه به پروتئین‌های ویروس کووید ۱۹ بودند که به پروتئین انسانی متصل شده و به این ویروس اجازه می‌دهد که وارد سلول شوند.
برای این که کووید ۱۹ بتواند سلول بیمار را آلوده کند باید از طریق پروتئین خود به گیرنده ACE2 متصل شود. این گیرنده در سطح سلول‌های انسان وجود دارد. با این اتصال، ویروس می‌تواند به غشا سلول‌های انسانی متصل و به آن وارد شود.
برخی پژوهشگران تلاش دارند تا با تولید ترکیباتی باعث مسدود شدن بخش پروتئینی ویروس شده و در نتیجه مانع از اتصال ویروس به سلول میزبان شوند.
یانکساو هان و پتر کرال از مدل‌سازی کامپیوتری برای طراحی ترکیبات احتمالی با ساختار شبیه به پروتئین ویروس کووید ۱۹ استفاده کردند.
برای انجام این کار، محققان ساختار بلوری پروتئین متصل شونده به گیرنده انسانی را در ویروس کووید ۱۹ با اشعه ایکس تصویربرداری کردند. آن‌ها هنگام اتصال ویروس به سلول این ساختار را مطالعه کردند و در نتیجه ۱۵ آمینواسید را از ACE2 شناسایی کردند که به‌صورت مستقیم با پروتئین ویروسی برهم‌کنش دارد.
در قدم بعد، محققان چهار پپتید را طراحی کردند که دارای تمام یا بیشتر این اسید‌های آمینه بود. همچنین توالی اضافه نیز درنظر گرفته شد تا سازه را تثبیت کند.
با استفاده از شبیه‌سازی کامپیوتری، این گروه مهارکننده‌هایی را معرفی کردند که احتمالا بتواند به پروتئین ویروس متصل شود و آن را مهار کند. یکی از این ترکیبات، همخوانی جالب توجهی با پروتئین ویروس دارد. البته هنوز لازم است که این پروتئین‌ها در محیط آزمایشگاهی بررسی شوند. همین که می‌توان گزینه‌های احتمالی را محدود کرد، باعث تسریع فرآیند تشخیص دارو می‌شود.
