یکی از بزرگترین چالش‌های موجود در زمینه نانومحاسبات، توانایی و اعتبار این محاسبات است. در طراحی یک سیستم نیرومند محاسباتی با مباحث مختلفی از قبیل فیزیک کوانتوم، احتمالات و حتی پدیده‌های زیستی رو به رو می‌شویم که ضمانت و اعتبار بالای این سیستمها را بسیار مشکل می‌کند.
