شناسایی تغییرات اپیژنتیکی با نانوسیالیت

گروهی از پژوهشگران دانشگاه کرنل با استفاده از سیستمی از کانال‌های نانوسیالیت و میکروسکوپ فلورسانس چندرنگی موفق به ابداع روشی شدند که می‌تواند پیوند بین DNA و پروتئین‌های چسبیده به DNA، که به هیستون معروف هستند، را در مکان‌های ویژه‌ای در طول مولکول‌های منفرد DNA مورد تحلیل قرار دهد.

گروهی از پژوهشگران دانشگاه کرنل با استفاده از سیستمی از کانال‌های نانوسیالیت و میکروسکوپ فلورسانس چندرنگی موفق به ابداع روشی شدند که می‌تواند پیوند بین DNA و پروتئین‌های چسبیده به DNA، که به هیستون معروف هستند، را در مکان‌های ویژه‌ای در طول مولکول‌های منفرد DNA مورد تحلیل قرار دهد. داده‌های بدست آمده از این روش اطلاعاتی درباره حالت‌ به اصطلاح اپیژنتیکی یک سلول، که منعکس‌کننده تفاوت ژن‌هایی است که یک سلول مشخص در هر لحظه از زمان بروز می‌دهد (express)، بدست می‌دهند.

هر سلولی در بدن دارای ساختار ژنتیکی یکسانی می‌باشد پس چه عاملی باعث تمایز سلول‌های جگر از سلول‌های قلب در یک سری از اصلاحات DNA، مانند متیلاسیون، می‌گردد؟ متیلاسیون می‌تواند مجموعه ویژه‌ای از ژن‌های بروز یافته از یک نوع خاصی از سلول را تعیین کند. این اصلاحات به اصلاحات اپیژنتیکی، و نه تغییرات ژنتیکی، معروف هستند زیرا آنها توالی DNA را تغییر نمی‌دهند بلکه در خواص ساختاری آن تغییراتی ایجاد می‌کنند.

تکنیک‌های فراوانی برای مطالعه چنین تغییرات اپیژنتیکی در اختیار محققان وجود دارد، ولی این روش‌ها نیاز به تعداد بسیار زیادی سلول دارند و به همین خاطر تصویر میانگینی از حالت اپیژنتیکی بدست می‌دهند. علاوه بر این، این روش‌ها قادر به پیمایش کلیه ژن‌ها نیستند و حتی نمی‌توانند دو گونه از تغییرات اپیژنتیکی را به‌طور همزمان بررسی نمایند.

گروه کرنل برای رفع این محدودیت‌ها یک افزاره نانوسیالیت ساخته است که می‌تواند جریانی از مولکول‌های منفرد DNA را از یک کانال و آشکارساز عبور دهد و فلورسانس DNA و پروتئین‌های وابسته به آن را در هر لحظه از زمان ضبط و تحلیل نماید. این پژوهشگران همچنین نشان دادند که قادر به جداسازی DNA از پروتئین‌ها، برچسب‌گذاری آنها با مولکول‌های فلورسانسی که می‌توانند به پایه‌های متیله شده پیوند بخورند، و آشکارسازی مکان‌های مشخص متیلاسیون DNA، هستند.

این محققان در مجموعه آزمایش‌های خود، از سیستم نانوسیالیت برای مشخص کردن فرکانس و انطباق حالت‌های اپیژنتیکی در مولکول‌های منفرد DNA استفاده کردند. با این حال، این محققان معتقد هستند که قادر خواهند بود افزاره خود را برای منظم‌سازی ساختارهای DNA- پروتئین بر اساس علامت‌های اپیژنتیکی آنها استفاده کنند. قطعه‌های کرومزومی منظم شده می‌توانند با ابزارهای مطالعاتی DNA، مانند توالی DNA، مورد مطالعه بیشتر قرار گیرند.

نتایج این تحقیق در مجله‌ی Analytical Chemistry منتشر شده است.