ستاد نانو با هدف تشویق و ترغیب محققان کشور به فعالیت در حوزه علم و فناوری‌نانو آیین‌نامه حمایت گام به گام از پایان‌نامه‌های دانشجویی تحصیلات تکمیلی را اجرا می‌نماید. در این آیین‌نامه مبلغ حمایت تشویقی هر پایان‌نامه متناسب با موضوع، نتایج و اثرات آن بوده و
ستاد توسعه فناوری نانو در روز ۳۱ مرداد ماه ۱۳۹۴ مبلغ ۱۵,۸۶۳,۵۲۰,۰۰۰ ریال به ۲۱۳۹ محقق پرداخت نموده است.
ستاد توسعه فناوری نانو در روز ۱۳ مرداد ماه ۱۳۹۴ مبلغ ۱۷,۱۰۱,۵۸۴,۰۰۰ ریال به ۲۶۳۶ محقق پرداخت نموده است.
ستاد ویژۀ توسعۀ فناوری نانو با هدف افزایش کیفیت علمی و کاربردی پایان‌نامه‌های دانشجویی، برنامه «حمایت گام به گام از پایان‌نامه‌های تحصیلات تکمیلی» را به اجرا گذاشته است. در این برنامه مقدار حمایت تشویقی هر پایان‌نامه متناسب با دستاوردهای آن است.
ستاد توسعه فناوری نانو در تاریخ ۲۳ خرداد ماه ۱۳۹۴ مبلغ ۱۳,۵۱۳,۱۰۰,۰۰۰ ریال به ۱۷۷۱ محقق پرداخت نموده است.
ستاد توسعه فناوری نانو در روز ۲۶ فروردین ماه ۱۳۹۴ مبلغ ۱۵,۱۲۳,۴۰۰,۰۰۰ ریال به ۲۰۳۷ محقق پرداخت نموده است.
ستاد توسعه فناوری نانو در فروردین ماه ۱۳۹۴مبلغ ۴۷,۲۴۱,۰۰۰,۰۰۰ ریال به ۵۷۵۳ محقق پرداخت نموده است.
ستاد توسعه فناوری نانو در بیست و ششم اسفند ماه ۱۳۹۳مبلغ ۲۰،۳۷۱،۰۰۰،۰۰۰ ریال به ۳۳۶۳ محقق پرداخت کرده است.
ستاد توسعه فناوری نانو در نیمه دوم دی ماه ۱۳۹۳ مبلغ ۹,۱۳۴,۲۰۰,۰۰۰ ریال به ۱۲۱۶ محقق پرداخت نموده است.
ستاد ویژه توسعه فناوری نانو برای رفع نیاز، توسعه یا ارتقا محصولات صنایع و یا شرکت‌های فناوری نانو، به پایان‌نامه‌های تحصیلات تکمیلی که در این راستا تعربف و انجام می‌شوند، حمایت‌های تشویقی ویژه پرداخت می‌کند. از ۱۵۰ درخواست دریافت شده از دانشگاه‌های مختلف تا کنون٬ ۴۲ مورد تایید، ۱۲ مورد مردود و بقیه در حال داوری هستند.